Γιὰ τὴν ἵδρυση τῆς Μονῆς, ποὺ τοποθετεῖται πιθανότατα στὸν 11ο αἰῶνα, δὲν ἔχουν ἀνευρεθεῖ ἐμπεριστατωμένα ἱστορικὰ στοιχεῖα. Ἡ ἀρχική Μονή τοῦ Ἁγίου Ἰωάννου εἶχε κτισθεῖ 500 περίπου μέτρα βορειοανατολικά τοῦ χωριοῦ Σκάλα, στὴ θέση «παλιομονάστηρο», ὅπου καὶ σήμερα ἀκόμη διατηροῦνται ἐρείπια Ναοῦ.
    Ἡ εἰκόνα τοῦ Ἁγίου μετὰ τὴν καταστροφὴ τοῦ πρώτου Μοναστηριοῦ βρέθηκε μὲ θαυματουργικὸ τρόπο στὴν ἀπέναντι πλαγιὰ. Οἱ βοσκοὶ τῆς περιοχῆς παρακινημένοι ἀπὸ τὸ ἔντονο φῶς ποὺ τὴν περιέλαμπε μέσα στὴ νύχτα, ἀνακάλυψαν τὸ ἱερὸ κειμήλιο μέσα σὲ σπήλαιο, στὴ θέση «στεφάνια», κοντὰ στή σημερινή Μονή. Τότε σύσσωμος ὁ κλῆρος καὶ ὁ λαὸς ἀποφάσισαν νὰ οἰκοδομήσουν Μοναστήρι πρὸς τιμὴν τοῦ Ἁγίου.  Ἐπέλεξαν τὴν τοποθεσία «καλογερικὸ ἁλώνι», βορειοδυτικά τῆς Μονῆς, φαίνεται ὡστόσο ὅτι ἄλλο ἦταν τὸ θέλημα τοῦ Τιμίου Προδρόμου, ἀφοῦ τὰ οἰκοδομικὰ ὑλικὰ μεταφέρονταν τὴ νύχτα πιὸ χαμηλά, στὴ θέση ποὺ βρίσκεται σήμερα η Μονή.
   Πρώτη ἐπίσημη γραπτὴ μνεία τοῦ Ἐνετοῦ διοικητὴ τῆς Ναυπάκτου Giannandrea Trivizan ἔχει ἐντοπισθεῖ σέ ἔγγραφο τοῦ 1688.
  Ἀπὸ ἀναφορὰ τοπικοῦ Ἐπάρχου το 1836 πληροφορούμαστε ὅτι ἡ Μονή ὑπῆρξε Σταυροπηγιακὴ μέχρι σχεδὸν τὴν Ἑλληνικὴ Ἐπανάσταση.