Ἡ εἰκονογράφηση τοῦ Καθολικοῦ ἀκολουθεῖ γενικά τὴν αὐστηρὴ τεχνοτροπία τῆς Βασιλεύουσας μὲ ἀσκητικές τάσεις, κάποτε μάλιστα φωτίζεται ἀπὸ μακρινὲς ἀναλαμπὲς τῆς Παλαιολόγειας τέχνης.
   Κατά μία ἐκδοχή ἡ ἁγιογράφηση τοῦ ναοῦ ὁλοκληρώθηκε μεταξύ τῶν ἐτῶν 1703 καὶ 1722 ἀπό τοὺς δόκιμους καλλιτέχνες Πάνο καὶ Χρῆστο, ἀγνώστων ἐπωνύμων καὶ καταγωγῆς, τῶν ὁποίων τὰ ὀνόματα μνημονεύονται στὴν Ἁγία Πρόθεση.
   Ἀνάμεσα στὶς πολὺ καλὰ διατηρημένες τοιχογραφίες τοῦ Ἱεροῦ Βήματος ξεχωρίζει ἡ Πλατυτέρα μὲ τὸν Χριστὸ εὐλογοῦντα. Τὸν θόλο, πάνω από τὸ Ἱερό, κοσμοῦν πολύ παραστατικές σκηνές ἀπό τὴ Θεία Λειτουργία.
   Κάτω ἀπὸ τὴν Πλατυτέρα, σὲ χωριστὴ ζώνη, παριστάνεται ἡ Μετάδοση καὶ Μετάληψη τῶν Ἀποστόλων καὶ χαμηλότερα ὁλόσωμοι οἱ συλλειτουργοῦντες ἱεράρχες.

   Ἡ ὅλη ὀργάνωση τῶν εἰκονογραφικῶν θεμάτων καὶ ἡ μελέτη τους ἐμπνέει θεολογικές προεκτάσεις πέρα ἀπό τὶς λειτουργικές, ἀφοῦ ὁ κυρίως Ναός συνιστώντας μικρογραφία τοῦ σύμπαντος κόσμου ἀπηχεῖ ὅλη τὴν ὀρθόδοξη θεολογία τῆς Ἐκκλησίας μας περί τοῦ Τριαδικοῦ Θεοῦ, τοῦ Ἰησοῦ Χριστοῦ καὶ τῆς σωτηρίας τοῦ κόσμου.
   Ἐξαιρετικῆς τέχνης καὶ μοναδική στὸ εἶδος της εἶναι ἡ παράσταση τοῦ «Ἀναπεσόντος» πάνω ἀπό τὴ βασιλική θύρα. Σὲ ὅλο τὸν ἑλλαδικό χῶρο κατά τὴ βυζαντινή καὶ μεταβυζαντινή περίοδο, μόνο στὸν συγκεκριμένο ναό εἰκονίζεται αὐτό το θέμα, τὸ ὁποῖο, ἄγνωστο ἀκόμη ἐκείνη τὴν ἐποχή,  μετέφερε πιθανότατα ὁ δημιουργός του ἀπό τὴν Πόλη.
   Μὲ πολλὴ ἐπιτυχία εἰκονίζονται στήν πάνω ζώνη τῆς νότιας καὶ βόρειας πλευρᾶς δώδεκα σκηνὲς ἀπὸ τὸν βίο τοῦ Ἁγίου Ἰωάννου, σύμφωνα μὲ τὴ γενικότερη συνήθεια ἀπό τὴν ἐποχή τῶν Παλαιολόγων νὰ ἀπεικονίζεται τὸ συναξάρι καὶ τὰ μαρτύρια τοῦ Ἁγίου στὸν Ναό πού τοῦ ἔχει ἀφιερωθεῖ.

   Ἐπίσης πολὺ παραστατικά ἔχει ἀποδοθεῖ ἡ πολυπρόσωπη σύνθεση «Πᾶσα πνοὴ αἰνεσάτω τὸν Κύριον», ἱστορημένη στόν κεντρικό θόλο τοῦ Νάρθηκα. Πρόκειται γιὰ ἔργο ποὺ ἀποτελεῖ ἕνα ἀπὸ τὰ ὡραιότερα εἰκονογραφικὰ σύνολα τῆς μεταβυζαντινῆς περιόδου στὸν ἑλλαδικὸ χῶρο.